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回答

ACME^*1版のSSL証明書（JPRSドメイン認証型）をインストールしている場合、従来版のSSL証明書（ACMEではないJPRSの証明書またはJPRS以外の証明書）をインストールしても証明書は更新されません。
コントロールパネルのユーザーインターフェース上ではエラー等が表示されないためインストールが終了したように見えますが、証明書および秘密鍵のファイルパスがACME版の証明書の状態のままとなるため、お客さまご自身で以下を対応していただく必要があります。

*1 ACME（Automatic Certificate Management Environment）は、SSLサーバー証明書の更新・管理を自動化する仕組みです。詳細は以下リンク先のJPRS公式ページをご参照ください。
ACMEについて | 株式会社日本レジストリサービス

httpd.confで証明書・秘密鍵のファイルパスを変更する

［1］サーバー管理者でコントロールパネルにログインする

ログイン方法がわからない場合はこちらをご参照ください。

［2］左メニューの［アプリケーション］-［基本アプリ］をクリックする

［3］基本アプリ画面でApacheの［設定］をクリックする

［4］該当ドメインの<virtualhost *:443>セクションにある「ACME版の証明書・秘密鍵のファイルパス」を「従来版の証明書・秘密鍵のファイルパス」に変更する

［5］記述に誤りがないことを確認のうえ［保存］をクリックする

［6］左メニューの［ウェブサーバー］-［SSL/TLS証明書］をクリックして、「SSL/TLS証明書の設定」画面の「有効期限」欄に今回インストールしたSSL証明書の有効期限が表示されていることを確認する

カスタマーサポートデスク(オンラインフォーム)でACME版の失効を申し込む

［1］カスタマーサポートデスクにログインする

以下のボタンをクリックすると、カスタマーサポートデスクのログイン画面にアクセスできます。

ログイン方法がわからない場合はこちらをご参照ください。

［2］左メニュー「SSLサーバー証明書の取得・設定」の［サーバー証明書の申請］をクリックする

［3］お申込内容入力欄の［お申込み種別］で「失効お申込み」を選択する

※ ご利用規約の「規約に同意して申込む」にチェックを入れると、お申込内容入力欄が表示されます。
※ サーバー証明書の申請は、STEP1：入力　→STEP2：確認　→STEP3：完了　の流れで行われます

［4］その他必要事項を入力して、STEP３まで完了させる