ご質問

3-13. MagicConnect Viewer 接続時に、対象機器がメインウインドウに表示されたり、されなかったりします。

回答

MagicConnect Client がサービス起動に設定されていても、対象機器の電源オプションの電源設定が、システムスタンバイ：なし、システム休止状態：なし、になっていない場合、そのような事象が発生します。
電源オプションの電源設定を、システムスタンバイ：なし、システム休止状態：なし、にして状況をご確認ください。
なお、PC（VAIO など）によっては、独自ソフトで電源管理を行っている場合があります。その場合は、そちらの電源管理設定を変更してください。