お客様が端末上でPACファイル指定をされていることを前提として回答させて頂きます。
方法としては2種類ございます。

１．使用しているPACファイルの中身を変更する方法
　　現在使用されているPACファイル内で、下位プロキシを宛先として指定されている部分を、
　　全てMenlo Securityへ通信が向くよう宛先を変更して頂く方法がございます。

２．Menlo Security管理画面より新たにPACファイルを作成して頂く方法
　　Menlo Security管理画面 -> Setting -> Proxy Auto Configから
　　新たにPACファイルを作成して頂きそのPACファイルを各端末に配布し、
　　設定して頂く方法がございます。

FireWallの設定としましては、クライアントPCから下位プロキシを経由せず直接Menlo Securityへ
通信をすることになるので、下記のHelpページに記載されておりますサーバへのアクセスを
クライアントPCから直接できるようポートの開放などの設定をしていただく必要がございます。

https://admin.menlosecurity.com/docs/guides/installation-prerequisites.html